En 1945 regresa junto con su familia a Perú, donde termina su primaria. Los primeros años de educación secundaria los lleva a cabo en el colegio la Salle de Lima.
El reencuentro con su padre tiene una importante significación en la conducta del adolescente Vargas Llosa. El tercer y cuarto año los realiza en el colegio de formación militar Leoncio Prado. Finalmente culmina sus estudios en San Miguel de Piura.
En 1953 regresa a Lima. Ingresa a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, donde estudia Letras y Derecho. Su opción no fue aceptada por su padre, por lo que fue una etapa sumamente difícil, más aún cuando a los dieciocho años decide contraer matrimonio con su tía política Julia Urquidi, lo que aumentó sus urgencias económicas.
Paralelamente a sus estudios desempeña hasta siete trabajos diferentes:
Redactar noticias en Radio Central (hoy Radio Panamericana), fichar libros y revisar los nombres de las tumbas de un cementerio, son algunos de ellos. Sin embargo, sus ingresos totales apenas le permitían subsistir. En 1959 parte rumbo a España gracias a la beca de estudios "Javier Prado" para hacer un doctorado en la Universidad Complutense de Madrid; así, obtiene el título de Doctor en Filosofía y Letras. Luego de un año se instala en París.
Al principio su vida en la ciudad de la luz transcurre entre la escasez y la angustia por sobrevivir, por lo que acepta trabajos que, o bien lo mantenían en contacto con su idioma a través de la enseñanza o le permitían trabar amistades literarias
Los esfuerzos por llevar a cabo su vocación literaria dan su primer fruto cuando su primera publicación, un conjunto de cuentos publicados en 1959 con el título Los jefes, obtiene el premio Leopoldo Arias.